В результаті Першої світової війни Бессарабська губернія колишньої Російської імперії перейшла до Румунії. Ні українські національні уряди, ні радянська Україна та СРСР не визнали законними такі територіальні зміни. Мирного договору з Румунією підписано не було, а на радянських картах Бессарабія позначалася як окупована територія. Щоб радикалізувати прорадянські настрої на її території та певною мірою реанімувати ідею «світової революції» у 1924 році Кремль створив молдавську автономію на території УСРР. Після остаточного усталення меж АМСРР у 1926 році у її складі опинилося 11 районів, а в результаті наступних їх змін на початок 1939 року МАРСР складалася з 14 районів.
23 серпня 1939 року в Москві був підписаний радянсько-німецький договір про ненапад, секретний протокол до якого, розмежовував сфери «обопільних інтересів» у Центрально-Східній Європі. Користуючись можливостями, які випливали з цього документу, 26 червня 1940 року СРСР пред'явив Румунії ультиматум, в якому вимагав повернути анексовану у 1918 році Бессарабію і передати йому населену українцями північну частину Буковини. 28 червня румунська армія без бою відійшла з територій, вказаних у радянських нотах.
Цілком прогнозовано на початку липня 1940 року радянські та партійні органи МАРСР, що перебувала у складі Української РСР, звернулися до Раднаркому та ЦК ВКП(б) із проханням про утворення Молдавської РСР (МРСР). 10 липня це прохання було переадресоване до Верховної Ради Союзу РСР, яка формально і мала право його вирішити.
В процесі підготовки відповідного законодавчого акту постало питання про межі нової союзної республіки. Робота у цьому напрямку розгорнулася одразу після приєднання нових територій. Із західним кордоном було все зрозуміло — ним мав стати новий кордон між СРСР та Румунією по Пруту, натомість у територіальному розмежуванні з УРСР виникла низка суперечок. Керівництво Молдавії пропонувало залишити у складі УРСР лише три (Кодимський, Балтський та Піщанський) з чотирнадцяти районів колишньої МАРСР, а зі щойно приєднаної до СРСР Бессарабії до складу України передати Хотинський та Аккерманський повіти, а також Кілійську волость Ізмаїльського повіту, тобто ті території, де українці були найчисельнішою національністю.
Позиція керівництва УРСР відрізнялася. Воно наполягало на тому, щоб кордон в усіх випадках проходив за етнічною ознакою, причому до складу МРСР мали увійти лише ті території, де молдавани складали виразну більшість населення. Згідно цього підходу у повітовому та районному розрізі до нової союзної республіки мали бути передані лише 6 з 14 районів МАРСР, яка увесь час свого існування була частиною УРСР, а з новонабутої Бессарабії до України мали бути приєднані не лише Хотинський та Аккерманський, а й Ізмаїльський повіти. Приєднання всього Ізмаїльського повіту обумовлювалося тим, що хоча молдавани і складали у ньому відносну більшість (32%), але сукупно росіян та українців було більше та і, мовляв, чисельні у повіті гагаузи та болгари мали у побуті більше спільного з українцями ніж з молдаванами.
Керівництво СРСР погодилося із запропонованим українською стороною етнографічним принципом. 2 серпня 1940 року Верховна Рада СРСР ухвалила «Закон про утворення союзної Молдавської Радянської Соціалістичної Республіки», де у загальному вигляді йшлося і про кордони МРСР. До її складу увійшли міста Кишинів та Тирасполь, 6 з 9 повітів Бессарабії, а також 6 з 14 районів колишньої МАРСР (Григоріопольський, Дубоссарський, Каменський, Рибницький, Слободзейський, Тираспольський). Решта районів колишньої МАРСР залишалися у складі УРСР. Того ж дня Верховна Рада СРСР ухвалила і закон «Про включення Північної частини Буковини і Хотинського, Аккерманського та Ізмаїльського повітів Бессарабії до складу Української Радянської Соціалістичної Республіки», за яким вказані три повіти Бессарабії становилися складовою УРСР.
Вказаним законом визначалися лише загальні межі МРСР. Робота над їх уточненням, в основу якої було покладено етнографічний принцип, тривала ще три місяці і її результатом став виданий 4 листопада 1940 року указ Президії Верховної Ради СРСР «Про встановлення кордону між Українською Радянською Соціалістичною Республікою та Молдавською Радянською Соціалістичною Республікою». За ним УРСР отримала 61 населений пункт з 55 тисячами населенням, натомість до Молдавської РСР було передано 96 населених пунктів з 203 тисячами населенням, з яких 76 — з Хотинського повіту Бессарабії.
Кордон України з Молдавією набув сучасних обрисів. Після уточнення кордону з УРСР Молдавська РСР мала площу 33,7 тис. кв. км з населенням 3 388 тис. осіб, молдавани в ній складали близько 65% від загальної його кількості, українці — близько 15%, росіяни — близько 10%. Після розпаду СРСР міжреспубліканський кордон став державним кордоном між Україною та Молдовою.