Майже двохсотлітнє державно-синодальне управління Російська православна церква (РПЦ) завершила у грудні 1917 року поставленням патріарха Московського і всія Росії Тихона (Беллавіна). Його служіння припало на часи комуністичного будівництва і тотального знищення релігії та церкви. До 1927 року РПЦ не мала офіційної реєстрації в органах влади, а тому по смерті Тихона нею керували патріарші місцеблюстителі: спочатку митрополит Крутицький Петро (Полянський), а з грудня 1936 року митрополит Московський і Коломенський Сергій (Страгородський).
З початком «Великого перелому» радянське керівництво прирівнявало боротьбу з релігією до боротьби за соціалізм і до Другої світової війни в СРСР залишилося діючих 4 архієрея (в Україні — жодного) та 300-350 православних парафій. З поділом Польщі у вересні 1939 року Йосиф Сталін здійснив подвійну анексію: державно-територіальну та церковно-адміністративну. Варшавська митрополія, що здобула автокефалію як частина колишньої Київської митрополії у 1924 році, була поділена між Німеччиною (відійшла Варшавсько-Холмська єпархія) та СРСР (Волинська, Тернопільсько-Галицька, Гродненсько-Віленська та Поліська єпархії, де проживало 7,5 млн православних, було чотири чинних єпископи, більше 3 тисяч храмів та 64 монастирі).
З перших днів радянізації духовенство та віруючі анексованих територій потрапили під комуністичний терор. Однак ліквідувати релігію та церкву у стислі терміни можливості не було, то ж владі довелось створити екзархат Московського патріархату для Західної України та Білорусі з центром у Луцьку, висвятити для нього кількох єпископів і зберегти залишки церковного життя в Україні. Обов'язки екзарха з 7 жовтня 1939 року виконував архієпископ Мінський та Білоруський Пантелеймон (Рожновський), а з 28 жовтня 1940 року — митрополит Волинський Миколай (Ярушевич), котрого 15 липня 1941 року призначили на «незаняту» київську кафедру з титулом митрополита Київського і Галицького, священноархімандрита Києво-Печерської Лаври, екзарха всієї України.
З початком Німецько-радянської війни ставлення до церкви змінилося не одразу. Попри звернення 26 червня патріаршого місцеблюстителя митрополита Сергія до пастирів і вірних РПЦ та молебень «Про дарування перемоги» в Богоявленському (Єлоховському) соборі в Москві, арешти духовенства тривали до осені 1941 року.
У той же час 30 червня у Львові відбулося проголошення Акту про незалежну Українську державу і проукраїнська частина духовенства відгукнулася архіпастирськими та пастирськими посланнями на її підтримку. Одночасно йшов процес відродження
У серпні 1941 року на території Райхскомісаріату Україна проросійська частина духовенства на підставі рішень Всеукраїнського собору 1918 року скасувала Екзархат Московського патріархату і об'єдналася в Українську автономну православну церкву на чолі з митрополитом Олексієм (Громадським), але зберегла при цьому канонічне підпорядкування РПЦ. Загалом церковне відродження було настільки значним, що на жовтень 1943 року на окупованій території діяло 6500 храмів.
Динаміка церковного відродження в Україні спонукала заступника голови Раднаркому В'ячеслава Молотова у липні 1941 року провести зустріч з місцеблюстителем Сергієм, щоб перетворити церкву на інструмент активної контрпропаганди на окупованих теренах, де німецька та румунська влада, позиціонуючи себе «захисниками християн в СРСР», підтримувала відродження знищеного більшовиками церковного життя. Для протидії окупаційними адміністраціями влада використала екзарха України Миколая, котрого у грудні повернули до Москви, де він у якості заступника митрополита Сергія і «представника патріархії» увійшов до державних та міжнародних організацій, спілкувався з іноземними представниками і кореспондентами. Самого ж Сергія евакуювали в Ульяновськ, де у березні 1942 року силами кількох ієрархів було проведено Архієрейський собор, який засудив проголошення автокефалії УАПЦ.
На цей час радянська влада вже припинила антирелігійну пропаганду та арешти священнослужителів, відкрила і відремонтувала бюджетним коштом частину храмів, дозволила єпископату — у порушення чинного законодавства — поширювати серед цивільного населення патріотичні відозви, збирати пожертви на армію, сиріт і поранених червоноармійців.
Стратегічний злам у війні на користь СРСР в ході Сталінградської битви дав можливість використати церкву і у зовнішній політиці.
Для поширення у США, Швеції, Британії та на Близькому Сході в СРСР кількома мовами видали пропагандистський збірник «Правда про релігію в СРСР». Митрополит Сергій, перебуваючи в Ульяновську, звернувся з низкою антифашистських послань до слов'янських народів. У квітні 1943 року його спеціальне звернення «Всім християнам Югославії, Чехословаччини, Еллади та інших країн і народів, що потерпають під гнітом фашистських окупантів» після схвалення ЦК ВКП(б) поширили за лінією фронту.
Особливо активну участь в організації антифашистської пропаганди за кордоном брав екзарх України Миколай: як член створеного радянським урядом «Всеслов'янського комітету» він закликав «братів-слов'ян» до підтримки СРСР у боротьбі з нацистами на мітингах у Москві, у складі Спеціальної комісії Миколи Бурденка поставив підпис під її звітом, що покладав на німців провину за розстріл полонених польських офіцерів у Катині.
Просування фронту на захід відкрило перспективу політичного використання канонічно підпорядкованих або духовно пов'язаних з РПЦ екзархатів, єпархій, благочиній, духовних місій та пастви у Китаї, Японії, Кореї, Палестині, Бельгії, Угорщині, в обох Америках. З цією метою релігійні організації наказом Державного комітету оборони від 5 червня 1943 року «Про затвердження заходів для покращення роботи розвідувальних органів СРСР» вперше віднесли до категорії інтересів радянської зовнішньої розвідки.
Однак створення т. зв. «московського Ватикану» вимагало реставрації, бодай позірної, РПЦ. Тому на прохання Сергія Рада Народних Комісарів (РНК) дала дозвіл церкві на відкриття банківського рахунку — вперше з 1918 року РПЦ отримала обмежені права юридичної особи. З ув'язнення і заслань почали звільняти священиків, до осені з таборів ҐУЛАҐу повернули 11 архієреїв.
4 вересня на Ближній дачі в Кунцево Йосиф Сталін провів нараду з наркомом внутрішніх справ СРСР Лаврентієм Берією, секретарем ЦК ВКП(б) з ідеології Георгієм Маленковим і начальником 5-го, «церковного», відділу 2-го управління НКДБ полковником Георгієм Карповим, на якій було розглянуто поточний стан справ у РПЦ. За її підсумками пізно ввечері того ж дня Сталін прийняв у Кремлі місцеблюстителя Патріаршого престолу Сергія, митрополита Ленінградського Алексія (Симанського) та митрополита Київського і Галицького Миколая. Від імені уряду він запевнив їх у повній підтримці й готовності в найкоротші терміни вирішити нагальні проблеми церкви й попросив «проявити більшовицькі темпи» у виборах патріарха.
Наступного дня центральні газети повідомили, що «тов. Й.В.Сталін зі співчуттям поставився» до «наміру найближчим часом скликати Собор єпископів для обрання Патріарха Московського і всієї Русі і створення при Патріарху Священного Синоду».
8 вересня в новій резиденції Московської патріархії, собор у складі 19 архієреїв одноголосно обрав митрополита Московського і Коломенського Сергія патріархом Московським і всієї Русі, шістьох архієреїв членами Синоду і ухвалив «Звернення Собору єпископів Російської православної церкви до усіх християн світу».
Надвечір нарком держбезпеки Всеволод Меркулов доповідною запискою інформував Сталіна про позитивні відгуки іноземних дипломатів і політемігрантів, які проживали в Москві, на обрання митрополита Сергія патріархом.
12 вересня 1943 року у Богоявленському кафедральному соборі відбулася урочиста інтронізація патріарха Московського і всієї Русі Сергія (Страгородського). У своєму першому патріаршому посланні він закликав віруючих облаштовувати парафіяльне життя за церковними правилами, охороняти православну віру і всіляко «брати участь в загальнонародному подвигу протистояння загарбникам».
Цього ж дня вийшов друком і обіцяний Сталіним перший примірник «Журналу Московської патріархії» з матеріалами Архієрейського собору.
Організацію взаємин між державою і церквою РНК СРСР поклала на утворену 14 вересня при уряді Раду у справах РПЦ на чолі з полковником Георгієм Карповим, який зберіг за собою і посаду в НКДБ.
Уже 19-28 вересня новообраний патріарх прийняв делегацію архієпископа Йоркського Сиріла Ф. Гарбетта. Напередодні Тегеранської конференції візит дав очікуваний пропагандистський ефект — цитуючи архієпископа, світова преса писала про «свободу відправи релігійного культу в СРСР», — а також забезпечив політичну підтримку Сталіна у Великій Британії з боку Англіканської церкви та «Об'єднаного комітету допомоги СРСР», очолюваного давнім симпатиком більшовиків «червоним деканом Кентербері» Г'юлеттом Джонсоном.