Увечері 1 вересня 1666 року Томас Фаррінер недбало загасив піч і, поки всі спали, від іскр загорілися хмиз та дрова біля печі. Невдовзі палав весь будинок. Фаррінер разом з сім'єю і слугами зумів урятуватись через вікно другого поверху, але загинула його помічниця по кухні, — перша жертва пожежі.
Вранці 2 вересня вогонь перекинувся на сусідні будинки. Лорд-мер Лондона Томас Бладворт відхилив пропозицію пожежних зруйнувати прилеглі до епіцентру будівлі, і згодом вогонь охопив вулиці і припортовий склад з гасом, свічками, спиртом і вугіллям. Склад спалахнув, чи, можливо, вибухнув, і пожежа стала поширюватися містом у різних напрямках і з великою швидкістю. Незважаючи на земляні вали, збудовані жителями Лондона для локалізаціїї пожежі, вона охопила практично все місто, котре складалось, в основному, з дерев'яних будівель, багато з яких були криті соломою, розділених вузькими вуличками. Вогонь пожежі був настільки сильним, що його було видно за 50 кілометрів.
Лише 5 вересня інтесивність пожежі почала спадати, а 6-го вересня її вдалось загасити. Пожежою було знищено в Лондоні 13200 будинків, близько 90 церков (включаючи кафедральний собор Св.Павла), 50 складів і багато громадських будівель; близько ста тисяч людей стали бездомними.
Через декілька днів за наказом короля Карла II почалась відбудова міста. Архітектор Крістофер Рен розробив план нового собору Св. Павла і багатьох церков навкруги нього. Більшість будинків почали зводити з цегли або каменю, вулиці стали ширшими, але постійна протипожежна служба в Лондоні з'явилась лише у 18-у столітті.
В 1670 році в пам'ять про Велику лондонську пожежу біля її епіцентру було встановлено меморіальну колону заввишки близько 70 метрів, на котрій були вирізьблені історія пожежі і її гасіння. Незважаючи на те, що офіційне розслідування прийшло до висновку, що пожежа виникла "по волі Господа, надзвичайно сухого літа і сильного вітру", до 1830 року на колоні зберігався напис, що називав ще одною причиною трагедії "віроломство і злий умисел папської кліки".
У 1986 році члени об'єднання лондонських пекарів зібрались на Пуддінг-Лейн і принесли вибачення меру міста за те, що Велика пожежа 1666 року виникла з вини їх колеги Томаса Фаррінера.