На початок 1985 року із 6806 зареєстрованих православних у СРСР громад РПЦ 4 тисячі діяли в Україні. На хвилі горбачовської «перестройки» до кінця 1990 року загалом їх стало 5031, але з'явилось півтори тисячі греко-католицьких громад. Відродження УГКЦ каталізувало православне середовище і на Західній Україні зародився рух за автокефалію Української православної церкви, шляхом виходу з РПЦ виникли парафії відродженої Української автокефальної церкви (УАПЦ).
Розуміючи настрої віруючих і духовенства, тодішній патріарший екзарх України митрополит Філарет (з 1966 року) ініціював на скликаних 9 та 10 липня 1990 року Помісному соборі і синоді Українського екзархату Російської православної церкви (РПЦ) звернення до патріарха Московського і всея Русі Алексія ІІ з пропозиціями утворити незалежну Українську православну церкву з правом самостійно поставляти правлячих і вікарних (заступників) архієреїв, утворювати нові єпархії у межах усієї України, обирати предстоятеля з титулом «Блаженнійший митрополит Київський і Галицький» (якого б затверджували патріарх та Синод РПЦ) і затвердити одноголосне обрання митрополита Київського і Галицького, патріаршого екзарха всієї України Філарета предстоятелем Української православної церкви (УПЦ) з титулом «Блаженніший митрополит Київський і всієї України».
Враховуючи політичні реалії, архієрейський собор РПЦ, що розпочався 25 жовтня 1990 року в Москві, задовольнив прохання УПЦ, і 28 жовтня у Софійському соборі Києва патріарх Алексій II оприлюднив ухвалу Собору й вручив митрополиту Філарету відповідну патріаршу грамоту.
Прийняття 24 серпня 1991 року Верховною Радою України «Акту про проголошення незалежності України» дало канонічні підстави (відповідно до правила 34 Св. Апостолів) для унезалежнення УПЦ. Тому митрополит Філарет виступив одним з ініціаторів звернення архієрейського (6-7 вересня 1991 року) та Помісного (1-3 листопада 1991 року) соборів УПЦ до Московського патріарха з проханням надати УПЦ повну канонічну самостійність — автокефалію. Скликаний у Москві 31 березня — 4 квітня 1992 року архієрейський собор РПЦ відмовив УПЦ у цьому проханні, натомість висунувши присутньому владиці Філарету (Київський митрополит є одним із трьох постійних членів Синоду РПЦ і мусить брати участь у його засіданнях) вимогу подати заяву на Соборі УПЦ про звільнення з київської кафедри.
На скликаній по поверненні до Києва прес-конференції в агенції «Укрінформ» митрополит Філарет повідомив про участь в архієрейському соборі РПЦ, пояснив позицію УПЦ і після неї звернувся за підтримкою до віруючих та керівництва країни. Невдовзі відбулася його зустріч з Президентом України Леонідом Кравчуком, який висловив лише моральну підтримку позиції УПЦ.
6-7 травня 1992 року Синод РПЦ заочно засудив діяльність владики Філарета, у відповідь на що 16 травня українське духовенство скликало у Жовтневому палаці конференцію за участі 600 делегатів на захист предстоятеля УПЦ.
Намагаючись зберегти УПЦ у складі РПЦ, митрополит Харківський і Богодухівський Никодим (Руснак), порушуючи канонічні приписи (правила: 6-е І-го Вселенського собору; 19-те ІV-го Вс., 16 та 19 Антіохійського), терміново скликав архієрейський Собор, який відбувся 27 травня 1992 року в Харкові на території Покровського монастиря за участі 16 з 18 вищих ієрархів УПЦ без відома і згоди її предстоятеля митрополита Філарета. Його метою було внесення ухвалених 25-27 жовтня 1990 року архієрейським Собором РПЦ змін до Статуту УПЦ (з умовою затвердження обраного українським єпископатом предстоятеля УПЦ Московським патріархом), а також звільнення митрополита Філарета з посади предстоятеля УПЦ і переобрання Синоду УПЦ. Того ж дня новим предстоятелем УПЦ обрали українця за походженням митрополита Ростовського та Новочеркаського Володимира (Сабодана), який до ієрархії УПЦ не належав. Реорганізована Харківським собором УПЦ залишилася у юрисдикції Московського патріархату і саме як частина РПЦ визнається Вселенським православ'ям.
В Україні рішень Харківського собору УПЦ не визнала ані проукраїнська частина церкви, ані державна влада. На Всеукраїнському православному соборі 25-26 червня 1992 року УПЦ та УАПЦ об'єдналися в Українську православну церкву Київського патріархату (УПЦ КП). Новостворену церкву очолив патріарх Мстислав (Скрипник), по його смерті в 1993 році — патріарх Володимир (Романюк), а по смерті останнього в 1995 році — патріарх Філарет (Денисенко), який на посаді заступника здійснював фактичне керівництво нею з перших днів. Донині УПЦ КП є автокефалією de-facto. Відповідно до норм церковного права вона самостійно обирає і поставляє предстоятеля та єпископів, провадить судочинство, утворює єпархії, виготовляє святе миро, канонізує своїх святих, складає чинопослідування та піснеспіви, встановлює церковні свята, має екзархати за кордоном України і активно провадить самостійну зовнішньо-церковну діяльність. Першу делегацію від УПЦ КП Вселенський патріарх прийняв у липні 1992 року.
Президія Верховної Ради України в офіційній заяві від 15 червня 1992 року вказала, що «проведення собору під керівництвом митрополита Харківського і Богодухівського Никодима і вибори нового предстоятеля при підтримці Московської патріархії призвело до чвар і конфліктних ситуацій в середовищі Української православної церкви». Далі у документі відзначалося, що «держава не втручається у справи церкви, але й не дозволяє будь-якій релігійній організації діяти всупереч її Статуту, зареєстрованому відповідно до чинного законодавства України». І наприкінці заяви, «на основі вивчення Радою у справах релігій при Раді Міністрів України правомірності проведення Харківського собору», було зроблено висновок, що собор «проводився з порушеннями Статуту УПЦ» та було вказано на невизнання державою його рішень.