У другій половині XVI століття самурай Ода Нобунаґа захопив японську столицю Кіото і, здобувши перемогу над рядом могутніх родів, а також буддистських громад Ода, підкорив столичний регіон. Проведені ним реформи в економіці, спрямовані на підтримку «вільної торгівлі», перетворили його землі на найприбутковіші у Японії і дали можливість створити професійну і добре озброєну армію, силами якої він розпочав об'єднання земель усієї Японії. По смерті Нобунаґи в 1582 році його наступником став Тойотомі Хідейосі, якому вдалось поставив під свій контроль увесь острів Хонсю і стати повелителем Японії.
В 1615 році сьоґунат встановив суворі законодавчі положення, які обмежували права провінційних володарів, посилюючи їхню залежність від центрального уряду, що дало можливість створити своєрідну всеяпонську федерацію з центром в Едо. Сьоґунат існував за рахунок данини з земель безпосередньо підконтрольних йому, а також і з золотих і срібних копалень у провінціях Садо, Ідзу, Тадзіма та Івамі. Протягом наступних 250 років сьоґуни з родини Токуґава очолювали законодавчу, виконавчу, а також найвищу судову владу в країні. Їх влада була настільки великою, що вони могли маніпулювати відреченням та інтронацією японських монархів у своїх інтересах.
З часом політика третього сьоґунату стала ізоляціоністською, що привело врешті-решт до поступового занепаду країни, особливо у першій половині XIX століття, коли Японію спіткав найбільший за всю її історію голод. Це виклакало повстання в країні, після придушення яких у країні почалась інфляція, з якою центральна влада була не в силах боротися. Зовнішньо-політичний курс «закритої країни» також зазнав невдачі — будучи не в змозі протистояти військовій загрозі з боку Британії, Росії і США, в 1854 році уряд був змушений відкрити для порти спочатку для США, а згодом й інших країн, надавши також право іноземним державам відкривати свої консульства.
Нова політика сьоґунату сильно вдарила по його престижу і викликала зневіру до нього як серед простого населення, так і самураїв, які почали виступати за реставрацію прямого імператорського правління. Під тиском опозиційних сил 14 жовтня 1867 року останній голова сьоґунату, 15-й сьоґун Токуґава Йосінобу, офіційно повернув імператору право «політичного верховенства» в країні. 3 січня 1868 року японський імператор Муцухіто позбавив сьогуна влади і очолив новий уряд країни.