Після приєднання Західної України до УРСР, розпочався процес її "радянізації", що супроводжувався, зокрема, репресіями проти націоналістів. Роботу НКВС полегшувало використання виявлених у Львові матеріалів польської поліції про діяльність ОУН і залучення колишніх польських "сексотів".
Перші арешти оунівців відбулися у вересні 1940 року — під час відвідання явки були заарештовані організаційний референт Крайового Проводу Іван Максимів ("Бард", "Вечірній"), керівник осередків ОУН у середніх школах Львова Тарас Коцюба ("Верба") та крайовий референт "Юнацтва" ОУН Ростислав Магаляс ("Громовий"). Агентурні дані та вибиті під час допитів зізнання спричинили хвилю наступних арештів. У вересні-жовтні окрім рядових членів (Люба Комар, Наталія Винників, Наталія Шухевич — рідна сестра Романа Шухевича) були затримані керівник розвідувальної референтури Крайової Екзекутиви (КЕ) ОУН в Західній Україні Микола Матвійчук, керівник пропагандивної референтури КЕ ОУН Кость-Арпад Березовський, заступник керівника Львівського міського проводу ОУН Роман Горбаль, керівник "Юнацтва" ОУН у Станіславській області та член КЕ ОУН Дмитро Клячківський.
Серед 59 заарештованих віком від 15 до 30 років було 22 жінки та 37 чоловіків, яким інкримінували 54 статтю Карного кодексу УРСР — підготовка збройного повстання та участь у контрреволюційній організації. 13 листопада 1940 року рішенням начальника слідчої частини УНКВС Львівської області лейтенанта держбезпеки Козлова всі їхні справи були об'єднанні в одне провадження, хоча насправді учасники майбутнього "Процесу-59" не були організаційно пов'язані між собою, а займали в ОУН різні посади та виконували різні функції — від членів крайового керівництва до зв'язкових і власників конспіративних квартир.
Слідство тривало три місяці. Через відмову більшості обвинувачених визнати свою "провину" перед радянською владою, організувати показовий процес, де б підсудні каялися і благали про помилування, не вдалось.
Судове засідання, яке розпочалось 15 січня 1941 року було закритим і мало суто формальний характер. 18 січня після двогодинної наради колегія Львівського обласного суду повністю задовольнила висунуті в обвинуваченні покарання (сам вирок мав 14 сторінок рукописного тексту, що дає підстави вважати, що він був написаний заздалегідь). До смертної кари було засуджено 42 особи, з них 11 дівчат, решта отримали 10 років концтаборів та 5 років заслання з конфіскацією майна, а також 5 років позбавлення громадянських прав.
18 лютого 1941 року Верховний суд УРСР розглянув касаційну скаргу і залишив вирок без змін. Виключення було зроблено лише для неповнолітньої Ірини Зубач, якій розстріл замінили на 10 років ув'язнення. 15 березня справу розглянув Верховний Суд СРСР, який пом'якшив вирок — 19 засудженим розстріл замінили на 10 років таборів, 5 заслання та позбавлення громадянських прав, строки решти фігурантів процесу були скорочені з 10 років до 4-8 років ув'язнення; ще одна засуджена, Ірина Пик, як громадянка США була вислана за межі СРСР — за її звільнення активно боролися американські дипломати і в результаті її обміняли на двох радянських шпигунів.
14 квітня 1941 року були страчені 19 осіб, чий вирок у "Процесі-59" був залишений без змін, решту засуджених перевели до тюрми у Бердичеві. Частина з них загинула у червні 1941 року відразу після початку Німецько-радянської війни, коли НКВС вдався до масового знищення в'язнів. Серед тих, хто вцілів і зумів втекти та продовжити боротьбу був і майбутній організатор і перший командувач УПА Дмитро Клячківський.
У травні 1941 року аналогічні процеси відбулися у Дрогобичі, які увійшли в історію під назвами "Процес-62" та "Процес-39".