Наприкінці 1918 року до влади в Україні повернулися ті ж самі соціалістичні партії, що складали основу Української Центральної Ради, але розуміння ними значення церкви в боротьбі за державну незалежність змінилося. Під впливом прагматичної політики уряду гетьмана Павла Скоропадського у стосунках із церквою Директорія виробила власні підходи до вирішення питання автокефалії, виходячи з поточних потреб державотворення, але без ґрунтовного науково-просвітницького підходу гетьманського Міністерства ісповідань.
1 січня 1919 року уряд Директорії УНР проголосив закон "Про вищий уряд Української автокефальної православної церкви", яким визначив, що Верховна церковна влада в Україні мала належати Всеукраїнському церковному собору, а між ними справами церкви мав займатися незалежний від Всеросійського патріарха Український церковний синод.
Крім того у тексті закону, оприлюдненому 2 січня, визначалося, що збиратися церковний Синод має у присутності представника уряду, чиїм обов'язком буде нагляд за дотримання ним законів держави, впровадження рішень Синоду, що не порушують інтересів Республіки, а церковна влада з її адміністративним апаратом буде утримуватися з державної скарбниці.
11 січня Департамент православної церкви розіслав телеграфом всім єпископам України повідомлення з вимогою зробити розпорядження по єпархіях припинити поминання за богослужіннями патріарха Московського Тихона, Київського митрополита Антонія, архієпископа Волинського Євлогія та виконувати розпорядження від них. Останніх двох у грудні 1918 року за проросійську позицію українські військовики заарештували без відома комісара Укрревкому Міністерства ісповідань Директорії Олександра Лотоцького. Більше того, обох владик з приходом Директорії мали розстріляти вояки Облогового корпусу полковника Євгена Коновальця. Довідавшись про це, Лотоцький ледве зміг переконати його, щоб «він не оповивав би ці особи овреолом мучеництва». Одіозних ієрархів уряд вислав до Василіянського монастиря у Галичині. Згодом вони (та ще кілька єпископів українських єпархій) відвідали практично всі європейські країни (в т.ч. і Константинополь), доки не отримали дозвіл на постійне перебування у Сербії (м. Сремські Карловці).
Наказ про створення при Міністерстві культів тимчасової комісії для складання проекту статуту Автокефальної української церкви під головуванням Костя Мировича з'явився 16 січня. Одночасно міністр Іван Липа вживав заходів, щоб заручитися підтримкою єпископату у справі заснування Українського церковного Синоду і на його пропозицію для утворення органу вищого церковного управління був скликаний Собор українських єпископів у складі одного архієпископа і п'яти вікаріїв (намісники правлячого архієрея).
Однак єпископи ще після арешту 17 грудня 1918 року архієпископа Євлогія скріпили клятвою рішення про непорушність постанов Всеукраїнського і Всеросійського соборів про єдність Російської Православної Церкви та безумовну покору митрополитові Антонію (голові Собору єпископів України), а на випадок його арешту чи смерті — митрополиту Херсонському Платону, котрий через загрозу арешту виїхав до неконтрольованої Директорією Одеси. В кінці січня 1919 року він розіслав телеграми про відкриття там Вищого церковного управління на Україні в складі Священного Синоду та Вищої церковної ради. Архієреї, що залишилися у Києві, утворили Контору собору єпископів усієї України на чолі з єпископом Діонісієм, але для ухвалення рішень вона не отримала повноважень, що дало підстави єпископату ухилитись від дієвої співпраці з Директорією та призначення складу Синоду.
Офіційне повідомлення від Директорії про затвердження закону про автокефалію сама церква отримала лише 23 січня: інформаційне бюро Міністерства культів оповістило про це всіх єпископів і консисторії українських єпархій по радіо. Того ж дня Директорія призначила членів Синоду, замінивши у законі назву "Синод" на "Українська Вища Освящена Церковна Рада", до складу котрої тимчасово увійшли: архієпископ Катеринославський Агапіт, протоієрей Василь Липківський, священик Макар Крамаренко, диякон Олександр Дурдуківський та військовий священик А. Матіюк. У такому складі Освящена Церковна Рада зібралася у кабінеті міністра культів 26 січня на своє перше і єдине засідання — через наступ більшовиків вона більше не збиралася. З цієї ж причини евакуювався з Києва уряд Директорії.
Подальшу боротьбу за автокефальний статус церкви в Україні урядовці УНР і церковне середовище вели, долаючи протидію проросійськи налаштованого єпископату, нарізно: перші — дипломатичними засобами і перебуваючи в екзилі, другі — в Україні, використовуючи більшовицький закон про відокремлення церкви від держави. Не знайшовши порозуміння з проросійським єпископатом, частина діячів УНР, що залишилася в Україні, разом із проукраїнським крилом священства (у квітні 1919 року воно об'єдналося у Другу Всеукраїнську православну церковну раду) в жовтні 1921 року скликали Всеукраїнський церковний собор і проголосили автокефалію Української православної церкви та обрали її предстоятелем митрополита Василя (Липківського).