Хатшепсут була старшою з двох доньок фараона Тутмоса I і його великої дружини Яхмес. По смерті батька у 1493 році до н. е. вона 15-літньою вийшла заміж за свого молодшого зведеного брата Тутмоса II, сина Тутмоса I від однієї з другорядних дружин Мутнофрет. У них була лише спільна донька Неферуре, то ж коли у 1479 році до н. е. Тутмос II несподівано помер, шостим фараоном XVIII династії став Тутмос III, його 2-літній син від дружини Ісет.
За тогочасною традицією Хатшепсут стала регентом свого племінника-пасинка до його повноліття, однак уже через рік, у 1478 році до н. е., оголосила себе його рівноправною співправителькою. Завдяки своєму безоганному з точки зору генеалогії походженнню — донька, сестра і дружина фараона, розумінню релігійно-політичного устрою країни і досвіду в її управлінні не пізніше, ніж за сім років Хатшепсут змогла утвердитись на престолі не як жінка-фараон («Дружина Бога»), а як фараон у власному праві і наказала увічнювати себе в скульпткрних зображеннях з накладною бородою і королівською коброю на чолі — двома визначальними ознаками єгипетського правителя-чоловіка.
Як фараон, Хатшепсут ініювала сотні будівельних проектів у Верхньому і Нижньому Єгипті, можливо більше, ніж усі її попередники разом узяті. Найвідомішими з яких є велетенських розмірів поминальний храм «Джесер-Джесеру» («Священний зі священних»), що під керівництвом архітектора і її радника Сенмута дев'ять років будувався у Фівах біля входу на територію, яку зараз називають Долиною царів, і до сьогодні найбільший (із тих, що встановлені) 37-метровий обеліск у світі з гранітного моноліту, закінчений десь через вісім десятиліть: у часи Тутмоса IV його розмістили у Карнакському храмовому комплексі, у римські — перевезли спочатку до Олександрії, а потім до Риму, де він і нині стоїть на Латеранській площі.
Ще одним досягненням Хатшепсут стало відновлення міжнародної торгівлі, понад століття занепалої після вторгнення у Східний Єгипет азіатських племен. У 1469 році до н. е. вона спорядила експедицію в країну Пунт (імовірно сучасна Еритрея чи північна частина Сомалі), для якої було спеціально збудовано п'ять вітрильно-веслярських кораблів, кожен з яких міг перевозити 210 чоловік. В Єгипет було вперше привезено ладан, мирру і 31 живе дерево, з якої її добувають, висаджені у поминальному комплексі «Джесер-Джесеру».
Померла Хатшепсут, як записано на одній зі стел у культовому центрі бога Монту (нині місто Армант біля Луксора), на 22 рік, другий місяць і десятий день свого правління — 16 січня 1458 року до н. е. Її саркофаг помістили у реконструйованій нею гробниці її батька Тутмоса I, мабуть першому похованні фараонів у Долині царів. Пізніше Хатшепсут кілька разів перепоховували, її мумія вважалась втраченою, доки нарешті не була ідентифікована у 2007 році. Проведена еспертиза показала, що 50-літня Хатшепсут страждала від ожиріння і діабету й померла від раку кісток, викликаного використанням канцерогенного лосьйону від дерматиту.
Всі роки правління Хапшесут її племінник-пасинок Тутмос III не брав жодної участі у державних справах, задовільняючись керівництвом військом у цілком мирній країні. Однак уже на другий місяць свого одноосібного перебування при владі йому довелось відбивати інтервенцію коаліції ханаанських держав на чолі з царем Кадеша. Це стало початком блискучих військових здобутків Тутмоса III: за 20 років він провів 17 походів, підкорив значну частину Близького Сходу від Євфрату до Нубії, завживши слави непересічного військового стратега.
Під кінець правління Тутмоса III було зроблено щось на зразок римського «прокляття пам'яті» Хатшепсут: її ім'я вилучили з великої кількості документів, зображення — грубо вирізали із кам'яних картушів, численні статуї — спотворили, розбили і закопали у землю. Лише у XX столітті нашої ери завдяки великій кількості артефактів доби Хатшепсут вдалось становити її роль в історії Давнього Єгипту.